Od 2005 roku Inspekcja realizując postanowienia art. 17 c ustawy z dnia 21 grudnia 2000 r. o jakości handlowej artykułów rolno-spożywczych, prowadzi kontrole ex-post przedsiębiorców otrzymujących płatności z Unii Europejskiej – z Europejskiego Funduszu Rolniczego Gwarancji – dawnej Sekcji Gwarancji Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (EFOiGR).
Kontrole prowadzone są na zasadach określonych w Rozporządzeniu Rady (WE) Nr 485 z dnia 26 maja 2008 roku w sprawie kontroli przez państwa członkowskie transakcji stanowiących część systemu finansowania przez Europejski Funduszu Rolniczego Gwarancji.
Zakres kontroli realizowanych przez Inspekcję zgodnie z RR (WE) Nr 485/2008 dotyczy transakcji finansowanych z Europejskiego Funduszu Rolniczego Gwarancji w obszarze Wspólnej Polityki Rolnej (WPR) i Wspólnej Polityki Rybackiej, z wyłączeniem refundacji eksportowych oraz działań objętych Planem Rozwoju Obszarów Wiejskich.
Inspekcja przeprowadza kontrole ex-post w zakresie mechanizmów WPR, administrowanych przez agencje płatnicze, które dotyczą między innymi:
Głównym celem zadań realizowanych przez Inspekcję w zakresie kontroli ex-post jest:
Kontrole są przeprowadzane „ex-post”, tzn. po zakończeniu każdego roku gospodarczego EFRG (15 października), w okresie od 1 lipca danego roku do 30 czerwca roku następnego i obejmują przedsiębiorstwa wytypowane do kontroli na podstawie przeprowadzonej analizy ryzyka.
Specyfiką kontroli ex-post jest to, że przedmiotem postępowania i badań podczas kontroli nie są właściwości fizykochemiczne, czy organoleptyczne artykułów rolno-spożywczych, lecz sprawdzanie poprawności sporządzenia dokumentów handlowych, potwierdzających prawidłowość dokonanych transakcji.
Obowiązkiem podmiotów kontrolowanych, zgodnie z art. 5 RR (WE) Nr 485/2008 jest dostarczenie służbom kontrolnym dokumentów handlowych, tj.: rejestrów handlowych, ksiąg rachunkowych, wyciągów bankowych, wewnętrznych dokumentów inwentaryzacyjnych, zapisów dotyczących produkcji i jakości, faktur zakupów i sprzedaży i informacji dodatkowych, związanych z przeprowadzanymi transakcjami.
Inspektorzy przeprowadzający kontrolę mają prawo między innymi do:
Odnosi się to do sytuacji, gdy całość lub część tych dokumentów znajduje się w obrębie przedsiębiorstwa w tej samej grupie handlowej, spółce lub stowarzyszeniu przedsiębiorstw zarządzanych w sposób jednolity z kontrolowanym przedsiębiorstwem, bez względu na to, czy zlokalizowane są w obrębie, czy poza terytorium wspólnotowym.
Przedsiębiorca zgodnie z art. 4 RR (WE) 485/2008 zobowiązany jest do przechowywania dokumentów handlowych przez okres co najmniej 3 lat zaczynający się od końca roku, w którym zostały sporządzone. W przypadku Polski okres ten wynosi 5 lat od końca roku, w którym wystąpiła kontrolowana transakcja.
W ramach postanowień art. 7 RR (WE) 485/2008, w przypadku niemożliwości wydania wyniku kontroli, kontrolujący mogą zwrócić się o przeprowadzenie kontroli do innych służb kontrolnych w innym Państwie Członkowskim Unii Europejskiej. W ww. przypadku kontrole noszą nazwę kontroli krzyżowych, a ich głównym celem jest kontrola przepływu towarowego, przeprowadzana u innych przedsiębiorców, powiązanych z przedsiębiorstwem kontrolowanym w sposób prawny, finansowy lub inny, w celu zweryfikowania danych finansowych kontrolowanego podmiotu.
Informacje zebrane w wyniku kontroli przez Inspekcję są chronione tajemnicą służbową i nie mogą być ujawnione osobom nieupoważnionym.
Wyniki przedmiotowych kontroli, w postaci protokołów kontroli, przekazywane są do agencji płatniczych, wg właściwości rzeczowej administrowanych przez nie mechanizmów WPR. W przypadku stwierdzonych przez inspektorów nieprawidłowości agencje płatnicze podejmują odpowiednie środki przewidziane w polskim prawie.